U dizelskom gorivu mogu se razviti mikroorganizmi poput gljivica, bakterija ili kvasaca, što može uzrokovati stvaranje taloga koji začepiti dovode goriva i filtre, te potencijalno oštetiti motor. Nemački autoklub ADAC navodi da ovaj problem nije čest u benzinskim motorima sa mešavinom biogoriva, ali je veći rizik prisutan u vozilima koja se koriste ređe, kao što su kamperi, čamci i poljoprivredna mehanizacija. Dugotrajno skladištenje goriva podstiče širenje mikroorganizama, pa se preporučuje pravovremena zamena ili potrošnja biodizela najkasnije nakon šest meseci. Vlasnici vozila trebaju biti oprezni i pražniti rezervoar pri dužem nekorištenju vozila kako bi izbegli probleme s dizelskim štetočinama.