U dizelskom gorivu mogu se razviti mikroorganizmi poput gljivica, bakterija ili kvasaca, koji mogu stvoriti talog koji začepljuje dovode goriva i filtre te potencijalno oštetiti motor. Iako je ovaj oblik kontaminacije goriva manje čest u benzinskim motorima sa mešavinom biogoriva, vozila koja se koriste ređe, poput kampera, čamaca i poljoprivredne mehanizacije, izloženija su opasnosti od ovih mikroorganizama. Dugotrajno skladištenje goriva također podstiče širenje mikroorganizama, pa se preporučuje pravovremena zamena ili potrošnja biodizela kako bi se sprečila kontaminacija. Takođe, preporučuje se pražnjenje rezervoara vozila koje se ne koristi duže vreme kako bi se izbegli problemi sa dizelskim štetočinama.